农村地基纠纷可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式来处理。

首先，双方应该尝试友好协商，明确各自权利和义务，尽量达成一致意见，避免矛盾进一步激化。如果协商不成，可以向村集体组织申请调解，由村集体组织依据村规民约等进行调解，以促进纠纷的解决。

如果协商和调解都无法解决问题，当事人可以根据双方达成的仲裁协议，向仲裁机构申请仲裁。仲裁裁决具有法律效力，双方必须遵守。如果协商、调解、仲裁均未能解决纠纷，当事人还可以向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，法院会根据事实和法律作出公正的判决。

此外，在处理农村地基纠纷时，应确保在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。同时，根据纠纷的具体情况，可以寻求专业律师的咨询与帮助，以便更好地维护自身合法权益。

总之，处理农村地基纠纷需要耐心和理性，通过合理合法的方式解决，以维护社会稳定和公平正义。