山东理工大学最好的三个专业分别是新能源汽车工程、农业智能装备工程以及农业机械化及其自动化。

新能源汽车工程专业在山东理工大学排名全国第4名，该专业培养学生掌握新能源汽车技术，适应新能源汽车产业发展需求，具备较强的实践能力和创新精神。

农业智能装备工程专业排名全国第6名，这个专业结合了农业和智能技术，致力于培养能够研发和应用农业智能装备的高素质人才，以满足现代农业发展的需要。

农业机械化及其自动化专业排名全国第11名，该专业注重培养学生在农业机械设计、制造、自动化控制等方面的能力，为农业机械化的发展提供有力的人才支持。

这三个专业不仅在山东理工大学内部备受认可，同时在全国范围内也具有较高的声誉和影响力。对于即将报考山东理工大学的考生来说，这些专业无疑是值得优先考虑的选择。