南通站与南通西站规模不同。南通站站房建筑面积约1.2万平方米，站场规模为4台8线。南通西站站房建筑面积约1.6万平方米，站场规模为4台10线。从站房建筑面积和站场线路数量来看，南通西站规模相对更大一些。两者在功能定位等方面也有差异，共同为南通的交通出行发挥作用，为旅客提供不同方向、不同线路的铁路运输服务。