不同城市的地铁三号线沿途停靠站点各不相同。以北京地铁3号线为例，一期工程开通的站点有东四十条站、工人体育场站、团结湖站、朝阳公园站、石佛营站、星火站、体育中心站、平房村站等。上海地铁3号线的站点包括上海南站、石龙路站、龙漕路站、漕溪路站、宜山路站、虹桥路站、延安西路站、中山公园站、金沙江路站、曹杨路站、镇坪路站、中潭路站、上海火车站、宝山路站、东宝兴路站、虹口足球场站、赤峰路站、大柏树站、江湾镇站、殷高西路站、长江南路站、淞发路站、张华浜站、淞滨路站、水产路站、宝杨路站、友谊路站、铁力路站。广州地铁3号线的站点有番禺广场站、市桥站、汉溪长隆站、大石站、厦滘站、沥滘站、大塘站、客村站、广州塔站、珠江新城站、体育西路站、石牌桥站、岗顶站、华师站、五山站、天河客运站、燕塘站、梅花园站、京溪南方医院站、同和站、永泰站、白云大道北站、嘉禾望岗站等。