南书房的历史作用主要有以下几点：

核心秘书机构：

南书房是清代初期最为重要的中枢机要秘书机构，负责为皇帝起草谕旨、办理文宣等事务。康熙帝选拔博学善书的翰林侍讲学士入值南书房，以备顾问，参与国策议定。

讲学交流平台：

南书房的建立有助于康熙帝学习并发扬中原汉族传统文化，密切与汉族士大夫的联系。康熙帝在南书房与翰林侍讲进行广泛的政治治理方面的交谈，讨论国计民生、用人行政等问题。南书房翰林成为沟通康熙皇帝与汉族士人的桥梁，有助于化解满汉民族间的政治仇视心理，缓解民族冲突。

人才智库：

南书房是康熙帝的“储才之要地”，许多清初著名的文人学者都被搜罗在南书房。南书房翰林都是经过严格考试选拔的经史文学、书法、绘画以及自然科学方面的精英。这些人才在国策议政、文化传播、军事活动等方面发挥了重要作用，对康熙皇朝的政治稳定、文化发展有所促进。