上交本部既不在闵行也不在徐汇，而是位于上海的黄浦区。

上海交通大学本部实际上位于上海市闵行区，这是上海交通大学的主校区，拥有大部分学院和研究所。然而，问题中询问的是“上交本部”，这里的“本部”一词，通常被理解为最初或者主要的校区。在这个语境下，它指的是上海交通大学在黄浦区的徐汇校区，也被称为上海交通大学老校区，是上海交通大学最早的校区。

值得注意的是，虽然徐汇校区现在不再是上交的主要教学区，但它仍然承载着学校的一些行政功能和历史文化遗产。对于新生或者访客来说，可能会因为“本部”一词而产生误解，因此需要明确“上交本部”在这里指的是黄浦区的老校区。

总的来说，上交本部位于黄浦区，而不是闵行或徐汇。闵行校区虽然规模更大，功能更全，但在这个问题的语境下，不被视为“本部”。