燕冬萍离婚案中，男方净身出户的原因主要在于法庭的判决以及男方在婚姻期间将大部分经济收入转给了女方。

男方在北京打工期间，每月将8000元转给燕冬萍，五年总计转账48万。然而，在离婚过程中，燕冬萍声称男方没有尽到家庭责任，所有家庭支出包括房贷、车贷和孩子的教育费用都是她一个人承担。尽管男方提供了转账证据，显示他确实有向家庭提供经济支持，但法庭最终判决时可能考虑了多种因素。

另外，男方在离婚过程中可能面临一些不利的情况，如夫妻双方长期分居、感情破裂以及争夺孩子抚养权等。这些因素可能影响了法庭的判决，导致男方在离婚案件中处于不利地位。

最终，根据法庭的判决结果，房子、车子和孩子的抚养权都归燕冬萍所有，男方因此净身出户。这一结果可能反映了法庭对于离婚案件中财产分割和抚养权归属的复杂考量。

需要注意的是，离婚案件的具体判决受到诸多因素的影响，包括双方的陈述、证据、法律规定以及法官的判断等。因此，对于这一案件的具体判决结果，需要从多个角度进行综合分析。