房地产企业印花税的计税依据主要包括应纳税凭证所记载的金额、费用、收入额以及应纳税凭证的件数。

具体来说，房地产企业印花税的计税依据会根据不同的应税凭证类型而有所差异。例如，在签订房产购销合同时，印花税的计税依据是购销合同的金额。对于产权转移书据，如房屋产权转移书据，印花税的计税依据则是书据中所列的金额。此外，如果涉及到房地产权利证书，如房屋产权证，那么印花税的计税依据会按照每件证书进行计收。

值得注意的是，在计算印花税时，需要依据《印花税税目税率表》选择正确的税率，并确保准确计算应纳税额。同时，房地产企业也应了解并利用可能的免税与减税政策，以降低税负。

总的来说，房地产企业印花税的计税依据是根据具体的应税凭证来确定的，不同的凭证类型有不同的计税方式和税率。因此，在实际操作中，房地产企业需要仔细核对合同和凭证，确保正确计算和缴纳印花税。