三亚16路公交车行驶轨迹覆盖多个区域。它从南山寺出发，途径南山文化旅游区，这里能让乘客领略到浓郁的佛教文化氛围。接着会经过天涯海角游览区，这是三亚著名的标志性景点区域。在行驶途中，还会穿梭于多个居民区和商业区。会经过凤凰镇，为当地居民和游客的出行提供便利。也会路过一些酒店集中区域，方便游客往来。此外，16路公交车还会到达三亚湾路沿线，这里有美丽的海岸线，乘客可以欣赏到三亚湾的迷人风光。并且会经过海居铂尔曼度假酒店等地点，最后抵达港务局。其行驶轨迹覆盖了旅游景点、居民区、商业区等不同功能区域，极大地方便了人们的出行。