行政事业单位内部控制的目标包括合理保证单位经济活动合法合规、合理保证单位资产安全和使用有效、合理保证单位财务信息真实完整、有效防范舞弊和预防腐败以及提高公共服务的效率和效果。

合理保证单位经济活动合法合规：这是内部控制的基础目标，意味着单位的各项经济活动必须符合国家法律法规和内部规章制度，避免违法违规行为。合理保证单位资产安全和使用有效：内部控制要确保单位的资产得到妥善保管，防止资产流失或被盗用，并确保资产的使用是有效的，不造成浪费。合理保证单位财务信息真实完整：内部控制要求单位的财务信息必须真实可靠，完整反映单位的财务状况和经营成果，防止财务信息失真或造假。有效防范舞弊和预防腐败：通过建立健全的内部控制机制，可以有效防范单位内部人员舞弊行为，预防腐败现象的发生，确保单位运营的廉洁性。提高公共服务的效率和效果：内部控制不仅要关注单位内部的管理和控制，还要致力于提高单位提供公共服务的效率和效果，以满足社会和公众的需求。