海关通过留存和比对入境外国人的生物识别信息来识别双重国籍。具体方法如下：

法律依据：根据《中华人民共和国出境入境管理法》第十五条，外国人入境应当向驻外签证机关申请办理签证，这一过程中也涉及对入境者身份的审核和确认，包括对其国籍的核实。虽然该条款未直接提及生物识别信息的使用，但生物识别信息作为现代科技手段，在海关等边境管理机构中已被广泛应用以提高身份识别的准确性和效率。