司马懿没能进武庙的原因主要有以下几点：

声誉问题：孔明死后声誉极高，而司马懿的声誉则相对较低。君王们需要能干的忠臣作为典范，而孔明正是这样的忠臣代表；百姓们则希望有清廉公平的官员，孔明同样符合这一形象。相比之下，司马懿在这方面的声誉就不那么突出了。

社会风气与道德评判：当时的社会风气要求的是活着时名声好，死后声誉更高。司马懿虽然是晋朝的实际创始人，但他的子孙不争气，导致晋朝短暂统一后又陷入大混乱，特别是司马昭弑君的行为更是落人话柄，被后代君主鄙弃，百姓也不念晋朝的恩德。

不符合知识分子传统风范：知识分子渴望遇到善待人才的明主，希望君臣关系如鱼水相得，能够建功立业并余荫后代。而司马懿的作派并不符合这一传统风范，因此他的名声逐渐没落，也就没能进入武庙。