一本二本合并的害处主要体现在志愿填报难度增加、退档风险增大、院校和专业选择复杂性增加、部分学校和专业招生困难以及加剧部分院校的竞争。

首先，合并后考生需要在更多的院校中做出选择，这无疑增加了志愿填报的难度。同时，由于部分学校的名称或地理位置等因素，可能会出现分数的暴涨暴跌现象，这使得考生填报志愿的不确定性进一步增加。

其次，合并后志愿填报不当可能导致考生直接从本科批次退档到专科批次，退档风险明显增大。在以往，退档可能还有二本批次作为缓冲，但合并后这个缓冲层消失了。

再者，合并后不同层次、不同类型的院校和专业混杂在同一批次中，考生和家长需要花费更多时间和精力去了解具体情况。这种情况下，更容易出现选择失误。

此外，合并后实力较弱或地理位置偏远的学校以及冷门专业可能面临更大的招生困难。同时，部分原本录取分数在一本线附近的院校可能会面临更加激烈的竞争。

总的来说，一本二本合并虽然有其积极的一面，如促进教育公平和高校公平竞争，但也确实存在一些明显的害处。这些害处需要考生、家长以及教育部门共同关注和应对。