医师定期考核简易程序和一般程序的主要区别在于执业时间要求、考核方式、考核周期、考核结果以及影响程度等方面。

首先，执业时间要求不同。简易程序通常适用于执业时间超过12年的医师，而一般程序则适用于执业时间不满12年的医师。

其次，考核方式有所差异。在简易程序下，医师只需书写述职报告，并由所在科室签署意见后报考核小组审核。考核内容主要集中在职业道德评定、工作成绩评定以及业务水平测评。而一般程序则要求医师参加综合笔试、技能操作考核等，考核内容同样包括职业道德评定、工作成绩评定以及业务水平测评，但业务水平测评较为严格。

再者，考核周期也不相同。虽然两种程序的考核周期原则上都是两年，但简易程序的医师在考核周期内随时可以完成考核，而一般程序的医师则需要在每个考核周期的第二年十月底前完成考核。此外，也有说法认为简易程序的考核周期为三年一次，与一般程序的两年一次有所不同。

关于考核结果，简易程序和一般程序也存在区别。简易程序的考核结果通常分为合格和不合格两种，而一般程序的考核结果可能因各种原因而不合格。具体来说，简易程序的医师在考核周期内无不良执业行为记录且符合特定条件时，考核结果通常为合格；而一般程序的医师则可能因各种因素导致考核结果不合格。

最后，两种程序对医师的影响也不尽相同。考核不合格的医师在一般程序下可能会受到更严格的处罚，如暂停执业活动、接受培训和继续医学教育等。相比之下，简易程序对医师的影响程度较小。

综上所述，医师定期考核的简易程序和一般程序在多个方面存在显著差异。医师应根据自身的执业年限、专业水平和工作表现来合理选择适合的考核程序。