深圳北站不同地铁线路的起始运营时间有所不同。深圳地铁4号线，往福田口岸方向，首班车时间是06:30；往牛湖方向，首班车时间为06:20。深圳地铁5号线，往赤湾方向，首班车时间是06:14；往黄贝岭方向，首班车时间为06:19。深圳地铁6号线，往科学馆方向，首班车时间是06:30；往松岗方向，首班车时间为06:20。乘车前建议通过深圳地铁官方APP或相关渠道进一步确认具体线路的运营时间，以便合理安排出行。