我国现存最早的一部医学理论著作是《黄帝内经》。

《黄帝内经》是我国传统医学四大经典著作之一，也是第一部冠以中华民族先祖“黄帝”之名的传世巨著。它分为《灵枢》、《素问》两部分，相传起源于轩辕黄帝，代代口耳相传，成书时间大约在春秋战国时期。这本书不仅仅是一部经典的中医名著，更是一部博大精深的文化巨著，以生命为中心，从宏观角度论述了天、地、人之间的相互联系，讨论和分析了医学科学最基本的命题——生命规律，并创建了相应的理论体系和防治疾病的原则和技术。

此外，《黄帝内经》在理论上建立了中医学上的“阴阳五行学说”、“脉象学说”、“藏象学说”、“经络学说”、“病因学说”、“病机学说”、“病症”、“诊法”、“论治”及“养生学”、“运气学”等学说，其医学理论是建立在我国古代哲学理论的基础之上的，反映了我国古代朴素唯物主义辨证思想。

因此，我国现存最早的一部医学理论著作是《黄帝内经》。