没有在公司申报个税，但是申报了年终奖是可以的。

个税和年终奖的申报其实是两个相对独立的过程。个税是每个人根据自己的收入情况，按照规定向税务部门申报并缴纳的，而年终奖则是公司给予员工的一种奖励，通常在年底发放。

虽然你没有在公司申报个税，但这并不影响你申报年终奖。公司会根据相关政策法规和内部规定来处理年终奖的发放和税务问题。然而，你需要注意的是，无论你是否申报个税，公司都有责任代扣代缴你应缴纳的个人所得税。

总的来说，没有申报个税并不会影响你申报年终奖，但你需要了解并遵守相关的税务规定，以避免可能的税务风险。如果你对税务问题有疑问，建议咨询专业的税务顾问或会计师。