当父母不在一个户口本上时，孩子可以选择随父亲或者母亲的户口落户。具体办理流程如下：

选择落户地：孩子可以选择跟随父亲或母亲的户口。这需要基于户籍登记制度的规定，即孩子的户口可以随父或随母。

准备相关材料：在确定了落户地之后，需要准备一些必要的材料。这通常包括父母的《居民户口簿》和《居民身份证》，父母的《结婚证》，孩子的《出生医学证明》，以及其他可能需要的证明材料，例如计划生育证明等。

向户口登记机关申报出生登记：携带上述材料，由户主、亲属、抚养人或者邻居向婴儿常住地的户口登记机关申报出生登记。这一步通常需要在孩子出生后一个月以内完成。

如果父母双方均为单位集体户口，办理流程会稍有不同。一般来说，可以将户口迁至合法固定住所后，再办理子女出生登记。如果无合法固定住所，孩子也可以随父或者母单位集体户口申报出生登记，但需注意，随父或者母户口迁出时，孩子的户口也需一并迁出。

总的来说，尽管父母的户口不在一起，但并不会影响孩子上户口。关键是确保按照规定的程序和要求进行申报，并提供完整的材料。如有任何疑问或困难，建议及时咨询当地的户口登记机关。