最早的病因证候学专著是《诸病源候论》。

《诸病源候论》由隋代著名医家巢元方等人编撰，成书于大业六年。全书共50卷，分为67门，载列证候论1739条，内容涵盖了内、外、妇、儿、五官等多科病证。这本书不仅是中国医学史上的重要里程碑，更是病因病机学领域的开山之作，对后世医学产生了深远的影响。

在书中，巢元方深入探讨了疾病的起源和演变，详细描述了各种疾病的证候，并根据证候的不同进行了分类。他的这种全面的病因病机研究，为中医的病因病机学说奠定了坚实的基础，同时也提高了中医诊断的准确性，为治疗提供了更为精准的依据。

因此，《诸病源候论》被公认为我国现存最早的病因病机证候学专著。