根据目前的信息，日本流感疫情在九州地区的大分县最为严重。

据报告，大分县平均每个诊所有高达104.84例流感病例，这一数字远高于其他地区。此外，九州地区的鹿儿岛县和佐贺县也有较高的流感病例数，但相较于大分县来说，情况稍好一些。在全国范围内，日本47个都道府县中已有43地达到警报水平，说明此次流感疫情的影响相当广泛。

除了九州地区，东京和周边地区如千叶县、埼玉县也是流感肆虐的重灾区。这些地区的医疗系统正面临着巨大的压力，许多医疗机构人满为患。

总的来说，虽然流感在日本多个地区都造成了严重影响，但九州地区的大分县目前报告的病例数最高，是疫情最为严重的地区。请注意，这些信息可能会随着疫情的发展而发生变化，建议关注最新的官方报道以获取准确信息。