机关单位和事业单位的主要区别如下：

性质与定位：

机关单位：实际上是行政单位，属于国家机关，是法定的行政主体。它们负责执行国家的行政职能，具有行政决策和执行权力。事业单位：则是国家基于公共目的成立的公共事业组织。大多数事业单位不是行政主体，但也有部分事业单位通过法律授权成为行政主体。

编制与经费来源：

机关单位：使用行政编制，其工作人员的工资和福利由国家行政经费负担。事业单位：使用事业编制，其经费主要由国家事业经费负担。这意味着事业单位在财务管理和运作上与行政单位有所不同。

人员构成与身份：

机关单位：工作人员主要包括公务员和工勤人员。公务员是依法履行公职、纳入国家行政编制、由国家财政负担工资福利的工作人员。事业单位：其工作人员通常不具有公务员身份，而是根据事业单位的具体规定和合同进行管理。

综上所述，机关单位和事业单位在性质、定位、编制与经费来源以及人员构成与身份等方面存在显著差异。这些差异使得两者在职能履行、管理方式和运作机制上也有所不同。