根据目前的信息，日本流感疫情最严重的地区包括东京及其周边的千叶县、埼玉县。

这些地区被描述为流感的“重灾区”，医院和诊所人满为患，医护人员面临着巨大的工作压力。由于流感患者数量的急剧增加，这些地区还面临着药物短缺的问题，尤其是治疗流感相关症状的药物。

此外，大分县、京都府、爱知县、佐贺县等地的流感病例数也达到了较高的水平，但相比之下，东京及其周边地区的疫情更为严峻。

请注意，流感疫情是一个动态变化的情况，建议您关注日本厚生劳动省或相关新闻媒体的最新报道，以获取最准确的信息。