智能马桶的冲水操作方式多样。最常见的是通过操作面板进行冲水。智能马桶通常配备有操作面板，上面有各种功能按键，找到标有“冲水”字样的按键，按下即可实现冲水功能，有的还会区分臀洗冲水、妇洗冲水等不同模式按键。遥控操作也较为普遍。很多智能马桶会配备遥控器，通过遥控器上对应的冲水按钮，能轻松完成冲水动作。这种方式在你处于不同位置，不方便直接操作马桶面板时，使用起来更加便捷。还有感应冲水。部分智能马桶具备感应功能，当使用者起身离开马桶后，马桶会自动感应并进行冲水，无需手动操作，极大地提升了使用的便利性和卫生程度。脚踢冲水也是一种新兴的便捷方式。有些智能马桶在底部设置了感应区域，当使用者用脚轻轻踢一下感应区域，就能触发冲水程序，这对于双手不方便或者不想接触操作面板的情况很实用。