湖北省荆州市用水发臭的原因是水源地氮元素超标，导致水务集团加大了氯元素投放进行消毒，从而产生异味。

近日，湖北宜昌市、荆州市多个区县的市民反映自来水出现异味，影响了正常生活。经过调查，属地水务集团表示，由于水源地氮元素超标，为了保障水质安全，他们加大了氯元素的投放量。氯元素在水中起到消毒作用，但过量投放会导致水体产生异味。

荆州市水务公司工作人员回应称，他们近两天接到了较多市民的咨询和投诉，对此他们表示理解并积极进行解释工作。他们强调，目前出口的自来水所有标准都符合要求，家庭接的水如果敞口静置一段时间，异味就会消散。同时，他们也表示没有接到污水排放的情况报告，因此市民不必过于担心。

总之，湖北省荆州市用水发臭是由于水源地氮元素超标导致氯元素投放增加所产生的异味。水务部门已经采取措施确保水质安全，并建议市民在使用自来水时敞口静置一段时间以消除异味。