D1039次列车途经的站点包括：郑州东、许昌东、漯河西、驻马店西、明港东、信阳东、汉口、天门南、潜江、荆州、宜昌东、恩施、利川、石柱县、重庆北。

D1039次列车从郑州东站出发，这是它的始发站。接着，列车会经过许昌东站，然后是漯河西站，在这之后是驻马店西站。继续前行，列车会停靠明港东站和信阳东站。

离开信阳东之后，列车会抵达汉口站，然后是天门南站，紧接着是潜江站和荆州站。过了荆州，列车会抵达宜昌东站，然后是恩施站和利川站。

在离开利川后，列车会经过石柱县站，最后抵达终点站重庆北站。这就是D1039次列车途经的全部站点。