选择上海理工大学还是北京工商大学的食品科学专业，主要取决于你的个人目标和偏好。

如果你希望在毕业后留在上海工作，那么上海理工大学可能是一个更好的选择。该校的食品科学专业在业内有一定的认可度，且学校位于上海市中心，这将为你提供更多的实习机会和便利的就业环境。此外，上海理工大学作为一所工学为主的多学科大学，拥有强大的师资力量和科研平台，能够为你提供优质的教育资源和实践机会。

另一方面，如果你看重专业的排名和声誉，北京工商大学的食品科学专业也是一个不错的选择。该校的食品科学专业在全国具有一定的知名度，且该校在食品领域拥有强大的研究实力和丰富的教学经验。此外，北京工商大学位于首都北京，这也将为你提供更多的文化体验和更广阔的视野。

总的来说，两所学校在食品科学专业方面都有各自的优势。你可以根据自己的兴趣、职业规划和地理位置偏好来做出选择。同时，你也可以考虑参观两所学校的校园和设施，与在校学生和教师交流，以更全面地了解各自的专业特点和教学环境。