三余镇属于南通市通州区。

三余镇是江苏省南通市通州区下辖的一个镇，地处通州区东北。该镇与周边的二甲镇、海门区货隆镇、王浩镇、正余镇等相邻，镇人民政府则驻在人民路86号。这些都是三余镇所属地区及地理位置的明确标志。

此外，从提供的POI信息中也可以看到，三余镇的具体位置被标注在南通市通州区，进一步确认了它所属的行政区域。

综上所述，无论是从行政区划的角度，还是从地理位置信息的角度，都可以确定三余镇是属于南通市通州区的。