面对交通局31人主动交代问题的情况，应该采取公开、公正、公平的方式进行处理，并确保处理程序符合法律法规和道德标准。

首先，对于主动交代问题的人员，应该给予一定的肯定和鼓励，因为他们选择主动揭露问题，这有助于及时纠正错误并恢复公众信任。同时，这也体现了他们的诚信和责任感。

接下来，需要成立一个专门的调查组，对这些问题进行深入调查。调查过程中应确保公正性和透明度，避免出现任何形式的偏见或不公。调查结果应该详细记录，并作为后续处理的依据。

根据调查结果，对于涉及违法违规行为的人员，应依法进行处理。这可能包括警告、罚款、降级、解雇等纪律处分，甚至可能涉及刑事责任。处理方式应视具体情况而定，并确保符合相关法律法规。

此外，为了防止类似问题再次发生，交通局应加强内部管理和监督机制。这包括定期进行员工培训，提高员工的法律意识和职业道德水平；同时，建立健全的内部控制体系，确保各项规章制度得到有效执行。

最后，通过此次事件，交通局应认真总结经验教训，不断完善管理制度，提高治理效能。只有这样，才能重建公众对交通局的信任，并确保类似问题不再发生。