备案制编制和正式编制的主要区别在于它们与体制的关系、员工与单位的互选权限、享受的工资待遇以及社会保障方面。

备案制编制，可以理解为合同制，是体制外的，并不属于正式的编制。这种制度下，单位和员工的互相选择范围更大，合同到期后，双方可以根据具体情况决定是否续签，提供了更大的灵活性。在工资待遇上，备案制员工虽然比一般的合同工待遇要好，但仍然不及正式编制员工。在社会保障方面，备案制员工通常只能享受五险，而没有住房公积金和职业年金。

正式编制则是体制内的，更为稳定和正式。员工一旦进入正式编制，与单位的互选权限就相对较小，除非员工主动辞职或违法犯罪，否则单位不能无故解聘员工。正式编制员工享受的工资待遇通常更高，且按照人社部门规定的标准来计发。在社会保障上，正式编制员工可以享受更为全面的二金五险，包括住房公积金和职业年金。

总的来说，备案制编制和正式编制各有特点，适用于不同的情境和需求。备案制编制更加灵活，适合需要更大人员流动性的场合；而正式编制则更加稳定，适合需要长期稳定人员配置的场合。