绿皮火车的粪便一般会被收集到火车上的化粪池中。这个化粪池由集粪槽和处理粪便的化粪槽两部分组成。当火车行驶过程中，储存在集粪槽中的粪便会被输送到化粪槽进行处理。

具体来说，绿皮火车上的化粪槽采用的是生物降解处理技术。化粪池内预先放置了专门的菌种，可以降解粪便中的有机物质，将其转化为水和有机气体。处理过程分为发酵和降解两个阶段，最终产生的水会通过排水管道排放，而处理后的气体则通过通气管排放到车外。

然而，由于绿皮火车的化粪池容量有限，处理能力也有限，因此需要进行频繁的清理。在清理过程中，可能会产生恶臭气味，对车厢内部环境造成一定影响。

此外，如果是较老的绿皮火车，可能还采用直排式厕所，粪便在火车高速行驶时直接排放到铁轨上，由高速气流粉碎。但这种方式对环境的污染较大，且对铁路沿线的卫生状况造成影响，因此现在越来越多的火车开始采用更环保的粪便处理方式。