水利水电工程专业中最厉害或者说最顶级的三个专业方向并不明确界定，但水利水电工程专业本身就是一个专门领域，其中涵盖了多个重要方向。如果要在这一专业内进一步细分，可能会涉及到水工结构、水电站建设、水利工程管理等不同领域。然而，各大高校在水利水电工程专业的设置上可能有所不同，一些高校会根据自己的研究方向和教育资源来设定具体的专业课程。

在探讨水利水电工程专业的“厉害”方向时，我们可以参考那些在该专业领域具有卓越声誉的高校，比如武汉大学、河海大学等。这些学校的水利水电工程专业往往有着深厚的研究背景和教学资源，他们的专业课程设置和研究方向可以视为该领域的顶尖水平。

此外，水利水电工程专业的就业前景广阔，随着全球水资源短缺和能源问题的日益凸显，该专业毕业生在水利水电工程管理、设计、科学研究等方面都有大量的工作机会。因此，选择水利水电工程专业的学生，在未来的职业发展中有着巨大的潜力。

需要注意的是，由于专业细分和高校设置的差异，具体的“最厉害”的三个专业方向可能因学校、地区和研究重点的不同而有所变化。如果你对特定高校的水利水电工程专业感兴趣，建议直接咨询该校相关部门或查阅官方网站以获取最准确的信息。