在最差的情况下，祈愿宝库需要抽100次才能获得一个S级忍者。

祈愿宝库是一个抽奖活动，玩家可以通过抽奖获得不同等级的忍者。其中，S级忍者是最为稀有和强大的。然而，祈愿宝库的抽奖机制有一定的随机性，也就是说，并不是每次抽奖都能获得S级忍者。

在最不利的情况下，抽到S级忍者需要抽满100次。但实际情况可能会因玩家的运气而有所不同，有些玩家可能在较少的抽奖次数内就获得了S级忍者，而有些玩家可能需要抽到满次数才能获得。

总的来说，祈愿宝库抽到S级忍者的次数是不确定的，但最多需要抽100次。玩家可以根据自己的经济情况和游戏需求来决定是否参与祈愿宝库的抽奖活动。