灵活用工的个人所得税缴纳方式主要有自行申报和代扣代缴两种。

如果选择自行申报，纳税人可以直接到税务机关办理，或者通过邮寄、数据电文等方式进行申报。在申报时，需要如实填写个人所得税纳税申报表，并提供相关证件和资料。计算个税时，灵活用工的收入被视为税前收入，根据收入金额和所得减除等情况来计算。

若选择代扣代缴，对于采用灵活用工模式的企业，它们作为支付所得的单位，对合作的灵活就业人员有代扣代缴个税的义务。企业应按月或按次为合作的灵活就业人员预扣预缴税款，并向其提供个人所得和已扣缴税款等信息。

请注意，纳税人和企业应严格遵守相关税收法律法规，确保税款的及时、足额缴纳，并妥善保管相关凭证和资料以备查验。如果遇到问题或困难，可以咨询税务机关工作人员以获得帮助。