海关总署有42个正厅级单位。这些单位都是直属海关，由海关总署直接领导管理。这些直属海关负责指定口岸、区域内的工作运行管理、监督监控。此外，海关总署还下设多个隶属海关，这些隶属海关一般由正处级或副厅级单位负责，具体办理海关业务。总的来说，海关总署的组织架构包括总署机关、直属海关和隶属海关三个层级。