在建工程科目本身不影响当期损益，但其后续处理会影响企业的利润。以下是具体分析：

在建工程本身：

不影响当期损益：在建工程在建设期间，其相关的支出和费用是资本化的，即计入资产账户而非当期损益。这意味着，在建工程的建设成本不会直接影响企业的当期利润或亏损。

完工后的影响：

转资产与计提折旧：当在建工程完工并达到可使用状态时，应将其转入固定资产账户。随后，企业需按照相关规定每月计提折旧费用。计提折旧会减少企业的利润，因为折旧被视为一种费用，会减少企业的净利润。不转资产的影响：如果完工后的在建工程不转入固定资产账户，就会导致企业少计提折旧。这样一来，企业的利润会虚增，因为本应作为费用计提的折旧没有计入，从而增加了企业的净利润。

税务影响：

补缴税款：如果税务机关要求企业对未转入的在建工程补缴房产税、土地税等，这将直接减少企业的利润。因为补缴的税款是一种支出，会减少企业的净利润。

综上所述，虽然在建工程科目本身不影响当期损益，但其后续处理会对企业的利润产生重要影响。