事业单位扣除的绩效工资主要用于单位的运营和发展，以及激励员工。

首先，扣除的绩效工资可以用于弥补单位的经营亏损，确保单位的稳定和持续发展。这样，单位能够在面临经济压力时，通过内部资源的调整来应对，而不是完全依赖外部资金。

其次，这些资金也可以被纳入单位的预算，进行统一管理，用于日常的运营开支或项目投资。这有助于优化资源配置，提高资金的使用效率，从而推动单位整体效益的提升。

此外，扣除的绩效工资还可能被用于支付职工的其他福利，如培训、活动以及福利设施等。这不仅有助于提高职工的工作积极性和生活质量，同时也是单位对职工的一种长期投资，旨在提升职工的专业技能和综合素质，进而提升单位的整体竞争力。

总的来说，事业单位扣除的绩效工资是多方面综合考虑的结果，其用途也是多元化的，旨在实现单位的长期稳定发展以及员工的个人成长。