小规模公司和一般纳税人公司的主要区别体现在税务地位、税率、发票使用、账务处理和税务筹划等方面。

在税务地位上，小规模公司年应征增值税销售额未达到一般纳税人标准，而一般纳税人则超过此标准。这导致两者在税率上有所不同，小规模公司通常适用较低的增值税征收率，如3%，而一般纳税人则根据销售货物或劳务类型适用不同档次的税率，如13%、9%和6%。

在发票使用上，小规模公司无论是取得增值税普通发票还是专用发票，都不能抵扣增值税。相反，一般纳税人在取得增值税专用发票时可以抵扣进项税，这有助于降低税负。

账务处理方面，小规模公司的记账报税相对宽松，账务处理较为简单。而一般纳税人必须按照国家统一的会计制度设置账簿，并提供相关的财务报表和税务资料，其财务管理更为规范和严格。

最后，在税务筹划上，小规模公司可重点关注如何利用税收优惠政策降低税负，而一般纳税人则更需考虑如何优化税务结构，提高税务效率。

综上所述，小规模公司和一般纳税人公司在多个方面存在显著差异，这些差异主要源于两者的税务地位和经营规模的不同。