单位负担个人所得税应单独作为企业管理费用列支，且不得在所得税前扣除。以下是具体处理方式的说明：

不得在所得税前扣除：根据《国家税务总局关于纳税人取得不含税全年一次性奖金收入计征个人所得税问题的批复》的规定，企业所得税的纳税人为个人支付的个人所得税款，不得在所得税前扣除。这意味着，单位为员工负担的个人所得税部分，不能在计算企业所得税时作为成本或费用进行扣除。

单独作为企业管理费用列支：虽然单位负担的个人所得税不能在所得税前扣除，但它仍需要在企业的财务报表中进行反映。具体来说，这部分税款应单独作为企业的管理费用进行列支。这样做有助于企业准确核算成本，同时也符合财务会计的准确性和透明性原则。

综上所述，单位在为员工负担个人所得税时，应明确这部分税款的处理方式，确保符合税收法规和财务会计准则的要求。