D3316次列车途经的站点包括广州东、东莞、东莞南、光明城、深圳北、深圳坪山、惠阳、汕尾、潮阳、潮汕、云霄、漳州、厦门北、泉州、莆田、涵江以及福州南。

D3316次列车从广州东站出发，这是它的始发站，随后会经过东莞和东莞南站。在东莞南站之后，列车会抵达光明城站，然后是深圳北站。从深圳北站出发后，列车会继续前往深圳坪山站，紧接着是惠阳站和汕尾站。

过了汕尾站，D3316次列车将驶入潮阳站，随后是潮汕站。接着，列车会经过云霄站和漳州站，在抵达厦门北站后会继续前行，分别停靠泉州站和莆田站。

在莆田站之后，列车会短暂停靠涵江站，最终到达终点站福州南站。这就是D3316次列车途经的全部站点。