李显想要彻底消灭“神龙政变”的功臣的原因主要有两点：

“神龙政变”的荒诞性：对于李显来说，“神龙政变”并没有真正帮助他登基，只是将他原本就已被立为太子后的登基时间提前了。这场政变本质上是为了实现武则天“复李唐神器”的既定安排，而李显却因此要背上“以子反母”的不孝罪名。这使得李显对“神龙政变”及其功臣本就没有好感。

功臣对皇权的威胁：“神龙政变”的功臣们在政变后立刻成为了李显皇位的最大威胁。他们手握重权，且因政变之功而自视甚高，这对李显的皇权构成了严重挑战。为了维护自己的统治地位，李显自然会想办法彻底消灭这些功臣。