低浓度的高锰酸钾具有抗菌、收敛、止血、除臭等功效。

临床上主要用作急性皮炎或急性湿疹（特别是伴继发感染时），清洁溃疡或脓疡，口服吗啡、阿片、马钱子碱或有机毒物等中毒时洗胃及蛇咬伤急救治疗。也用于水果、食具等的消毒。口腔用于白色念珠菌感染、坏死性龈口炎、牙周病的含漱或冲洗等。高锰酸钾接触衣物会留下棕色痕迹，可以加草酸在水中揉搓便可除去。