《中华人民共和国种子法》第三十一条规定：从事种子进出口业务的种子生产经营许可证，由省、自治区、直辖市人民政府农业、林业主管部门审核，国务院农业、林业主管部门核发。以上海市为例，种子经营许可证在上海市农业委员会办理。

办理权限：

（1）在本行政区域内申请从事主要农作物杂交种子及其亲本种子生产经营的，应当获得市农业委员会的行政许可。

（2）在本行政区域内申请领取实行选育生产经营相结合、有效区域为全国的种子生产经营许可证的，应当获得市农业委员会的行政许可。

（3）申请从事主要农作物常规种子或非主营农作物农作物种子生产经营，应获得企业注册所在区农业行政主管部门行政许可；注册地无农业行政主管部门的，由市农业委员会核发生产经营许可证。

扩展资料：

种子经营许可证办理依据：

《中华人民共和国种子法》第三十一条规定：从事种子进出口业务的种子生产经营许可证，由省、自治区、直辖市人民政府农业、林业主管部门审核，国务院农业、林业主管部门核发。

从事主要农作物杂交种子及其亲本种子、林木良种种子的生产经营以及实行选育生产经营相结合，符合国务院农业、林业主管部门规定条件的种子企业的种子生产经营许可证，由生产经营者所在地县级人民政府农业、林业主管部门审核，省自治区、直辖市人民政府农业、林业主管部门核发。

前两款规定以外的其他种子的生产经营许可证，由生产经营者所在地县级以上地方人民政府农业、林业主管部门核发。

参考资料来源：上海农业网-农作物种子生产经营许可证审批办事指南