玛旁雍错是地球上高海拔地区淡水最多的湖泊之一，也是西藏高原最具代表性的湖泊湿地。玛旁雍错湿地属内陆湿地，主要湿地类型包括湖泊湿地、高山湿地、灌丛湿地等，2005年，玛旁雍错湿地被列入《国际重要湿地名录》。

玛旁雍错湿地栖息着黑颈鹤、斑头雁等大量水禽，也是藏羚羊、野牦牛等珍稀野生动物种群向西藏喜马拉雅山脉迁徙的主要走廊之一。

玛旁雍错湿地内共有脊椎动物99种，其中国家一级重点保护动物有雪豹、胡兀鹫、黑颈鹤等8种；国家二级重点保护动物有棕熊、水獭、猞猁、藏原羚、岩羊、鸢、大鵟、高山兀鹫、猎隼、红隼、藏雪鸡等16种；列入《濒危野生动植物种国际贸易公约》附录I的动物有棕熊、水獭、雪豹、黑颈鹤等9种，列入附录II的种类有狼、猞猁、鸢、金雕、胡兀鹫、草原雕、秃鹫、高山兀鹫、大鵟、猎隼、红隼等12种。

玛旁雍错湿地植物资源丰富，可以保证周边地区用水，对当地畜牧业生产具有直接意义，同时对当地形成和保持有利于人类生活的小气候环境具有重要的作用。