不跟。根据39健康网中的信息，医院建档是线下建档，不会录入到互联网上，所以是不跟计生系统联网的。计生系统即计划生育全面综合管理系统：包括育龄妇女管理、业务管理、行政管理、财务管理等等。函盖各级计生管理部门工作。