第三天。因为赫氏消亡反应是肠道菌群失调患者服用益生菌制剂后的一种暂时性免疫反应，主要出现在服用的第三天初期阶段，当肠道内的菌群逐渐稳定下来后，这种反应就会逐渐消失。