药品监督管理部门。药品经营许可证是地方性行政许可，由省、市、县三级药品监督管理部门分级负责，可以前往该部门进行办理，药品经营许可证办理需要经过现场勘验，资料审核等流程，县级以上地方药品监督管理部门对符合条件的申请者，发放药品经营许可证。