以上级法院的判决为准。根据《最高人民法院关于审理非法吸收公众存款刑事案件适用法律若干问题的解释》第五条，对已经生效10年的民事调解书款项被后来的被非吸案件认定款项重合的情况，按照上级人民法院作出的刑事判决、裁定为准，这意味着如果同一案件在不同法院作出不一致的认定时，应以上级法院的判决、裁定为准。