有效。根据《中华人民共和国立法法》相关规定，行政部门的意见或通知，除非本身规定废止时间或有效期限，或被后来的文件取代，否则一直有效，农业农村部办公厅发布的《关于种子法有关条款适用的意见》暂未有取消的消息，所以是还有效的。中华人民共和国农业农村部办公厅是中华人民共和国农业农村部内设机构。