可以。根据《公安部下发户口管理规范》规定户口迁移并没有对人数和身份进行限制，只要满足迁入和迁出双方条件就可以申请户口迁移，所以两个孩子的户口都和妈妈一起，是可以只迁移妈妈和其中一个孩子的。户口，是指国家主管户政的行政机关所制作的，用以记载和留存住户人口的基本信息的法律文书。也是我们每个公民的身份证明。户籍是对自然人按户进行登记并予以出证的公共证明簿，记载的事项有自然人的姓名、出生日期、亲属、婚姻状况等。