入住率低的别墅小区可以用来办公，但是这取决于该别墅小区的房产证上的登记信息。如果房产证上登记的是“商业”或者“办公楼”，那么这栋别墅就可以合法地用来办公。如果房产证上带有“住宅”等字样，那么这栋别墅就不可以用来办公，除非经过许可或进行相应的登记。